Tinggal di daerah kumuh sebuah kota yang kaya, Rudo dan ayah angkatnya, Regto, mencoba hidup berdampingan dengan penduduk kota lainnya, namun Rudo membenci pemborosan yang dilakukan oleh kalangan atas. Mengabaikan peringatan dari orang-orang di sekitarnya, Rudo secara teratur mengobrak-abrik sampah kota untuk mencari apa pun yang berguna atau berharga untuk selamat dari “Abyss” – lubang besar tempat segala sesuatu yang dianggap sampah dibuang, termasuk manusia. Ayah kandung Rudo adalah salah satu orang yang dibuang ke dalam Abyss setelah dituduh melakukan pembunuhan.

Suatu hari, setelah berpapasan dengan sosok misterius dalam perjalanan pulang, Rudo kembali menemukan tubuh Regto yang sekarat di lantai. Dia ditemukan di tempat kejadian oleh pihak berwenang dan dituduh melakukan pembunuhan. Tidak ada yang percaya bahwa dia tidak bersalah dan dia dilemparkan ke dalam Abyss. Namun, bukannya mati, dia menemukan dirinya berada di tempat yang aneh dan berbau busuk yang dikelilingi oleh monster yang terbuat dari sampah.

Ketika Rudo diserang oleh monster-monster tersebut, dia diselamatkan oleh seorang pria bernama Enjin, yang mengungkapkan dirinya sebagai “Pembersih” – seseorang yang menggunakan senjata khusus bernama Vital Instrument untuk memerangi makhluk-makhluk ini. Untuk membalas dendam pada orang yang membunuh Regto, Rudo dengan enggan menjadi seorang Pembersih untuk berjuang kembali dan keluar dari Abyss.